comparar arquivos e excluir linhas

[sergio]

Caros, um feliz natal e um bom ano novo. Boas festas e saude.
tenho 1 arquivo a com 49000 linhas e um b com 100000.
o arquivo a tem uma sequencia de numeros que corresponde a linha do arquivo b. 
exemplo


arquivo a         arquivo b
1                 50
227               90    
228               1000
229               30
300 ...           60 ...

preciso ler a linha 1 do arquivo a e pegar o valor da linha 1 no arquivo b.
ler o valor da linha 2 no arquivo a e pegar o valor da linha 227 no arquivo b e 
assim vai.
fiz um for e demora muito, pois vai de linha em linha.
alguém tem uma idéia pra me ajudar?

o arquivo a é uma referencia (posição da linha que preciso do arquivo b), sao 
96 arquivos b.

obrigado a todos