Estou supondo que no arquivo ARQ02 tem uma listagem de arquivos e diretórios, mas quer exibir apenas o que há a mais no que é recebido pelo file descriptor 3.
Para não ter problemas com os colchetes é bom usar o 'fgrep' ou 'grep -F', o uso de 'egrep', 'grep' com o argumento -e entende os colchetes como lista das RE.
Existe a opção de usar o 'grep -f' onde vc tem um arquivo com o padrões a serem procurados, e nisso vc não precisa fazer um loop:
fgrep -f <(cat <&3) ARQ02 > result
Outra opção é usar diff, onde não precisa fazer um loop também:
diff <(cat <&3) ARQ02 | sed -n '/^</{s/< //;p}' > result