Comparação de Arquivos

[fortinho2k2]

Salve Galera!!!
tenho um script q compara 2 arquivos  e gera a diferença entre eles, o 
script funciona porém se eu tiver muitos registros para comparar ele se 
torna lento demais teria uma outra forma de acelerar essa comparação... 
por exemplo comparando 2 mil regitros.

for reg in `cat  lista1`
do
  grep -w -v $reg lista2 >> temp.lst

  mv temp.lst  lista2
done