Re: [shell-script] usando shell em sequencias de DNA

[Tiago Peczenyj]

desculpe mas não esta claro para mim o formato do arquivo

por acaso eh

>XXX
aagt...
>YYY
ggtaa..

ou vc pode ter mais de uma linha entre uma sequencia e outra?

eu começaria assim:

cut -c 1-3 arquivo

depois iria refinando :)

On Sun, Mar 14, 2010 at 9:07 AM, Graciela <address@hidden> wrote:

>
>
> Trabalho com bioinformática e queria tirar uma dúvida com vocês
> Tou com essas sequências de DNA, cada '>' representa uma sequência
> Quero verificar apenas as três primeira letras de cada sequência, por shel
> script tem como?
>
> >fig|674.13.peg.56
> gtgacgttaggtgacaatgttgttgttgcctcgggagccgttgtgacaaagagttttggt
> agcaatgttgtcattggtggcaacccagcacgagtgttaaaagaaatcgagtaa
> >fig|674.13.peg.57
> atgtcaatatacccaactgcaccccaaggtgtgtcagttgatgccaatatgaaaatgata
> aagcaaaagtttggccgcattgttggcccaactgatttctattggttttatgaacaggtt
> agaaataaaggcccgtgggattataaacaaagtggcccgtttgaaaatttcggtaatttt
> cattatggggcagttggttatgcaggtggcattccagaagaagttttgttaagagctgct
> ggttgtgctcaaatgaaggcgggtacttcagctgatagctggggtagttgttggagcgat
> caaccatttggagatgatccaaacgatcaacgttatatagcactaggtattgaatatgca
> aaaagtaaaggctattag
> >fig|674.13.peg.58
> atgaacgtggataaagcgaaaaaacgcatattgaaacgagtacaaagaggtttcaaaggt
> tatccgcaaatatctttagagtatttcgggaaaacgacagattttgctaccgaagtagtc
> atcacttttgttcctgaagaaaacgctgaagcgcaaattcagagatttacgagtgataag
> gatgttcgtgaagatgaagcaattcaatcggtattgttgaaaattattgagcgagccgac
> gctgctacggttttagaaagccgagaagtatcagtttgttaa
> >fig|674.13.peg.59
> atgccagttgttggacaccttcaagtggtgacaaattgggatggtataccgatttgtatt
> atagaaatgacgtctgtaaccaagcaaaaatacagcgaagtaacaccggagttcgcggct
> ttagaaggtgagggtgacaagactttagcttggtggcgggaggcgcattggaacttcttc
> tcaaaagagtgcgtagagttagaaatatcaccgtcggaagatatgttgctggttctagag
> cagttcaaagtggtgtacaaataa
>
>  
>



-- 
Tiago B. Peczenyj
Linux User #405772

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[As partes desta mensagem que não continham texto foram removidas]