Re: [shell-script] usando shell em sequencias de DNA

[Graciela Dias]

Problema resolvido, muito obrigada a todos.

Douglas, o mestrado vai bem, já tou na reta final, mas quelquer dúvida é só
entrar em contato. Seu script extrai o que eu quero, mas tá em loop.

Acho que não expliquei com clareza o que eu quero, mas o Cistian e o Marcio
conseguiram entender, valeu! :)

Mas não entendi alguma coisas no comando sed -n
'/>.*/{N;s/\(.*\)\n\(...\).*/\

1: \2/p}' dna.txt. O que seria 'N', ele pula linhas?


Abs.


On Sun, Mar 14, 2010 at 7:31 PM, Marcio Gil <address@hidden> wrote:

>
>
> Resolvendo em uma linha com sed:
>
> $ sed -n '/>.*/{N;s/.*\n\(...\).*/\1/p}' dna.txt
> gtg
> atg
> atg
> atg
>
> ou, se você quiser manter o identificador da sequência:
>
> $ sed -n '/>.*/{N;s/\(.*\)\n\(...\).*/\1: \2/p}' dna.txt
> >fig|674.13.peg.56: gtg
> >fig|674.13.peg.57: atg
> >fig|674.13.peg.58: atg
> >fig|674.13.peg.59: atg
>
> Nota: Eu criei o arquivo dna.txt com o exemplo que você passou.
>
>
> > -----Original Message-----
> > From: Graciela
> >
> > Trabalho com bioinformática e queria tirar uma dúvida com vocês
> > Tou com essas sequências de DNA, cada '>' representa uma sequência
>
> > Quero verificar apenas as três primeira letras de cada
> > sequência, por shel script tem como?
> >
> > >fig|674.13.peg.56
> > gtgacgttaggtgacaatgttgttgttgcctcgggagccgttgtgacaaagagttttggt
> > agcaatgttgtcattggtggcaacccagcacgagtgttaaaagaaatcgagtaa
> > >fig|674.13.peg.57
> > atgtcaatatacccaactgcaccccaaggtgtgtcagttgatgccaatatgaaaatgata
> > aagcaaaagtttggccgcattgttggcccaactgatttctattggttttatgaacaggtt
> > agaaataaaggcccgtgggattataaacaaagtggcccgtttgaaaatttcggtaatttt
> > cattatggggcagttggttatgcaggtggcattccagaagaagttttgttaagagctgct
> > ggttgtgctcaaatgaaggcgggtacttcagctgatagctggggtagttgttggagcgat
> > caaccatttggagatgatccaaacgatcaacgttatatagcactaggtattgaatatgca
> > aaaagtaaaggctattag
> > >fig|674.13.peg.58
> > atgaacgtggataaagcgaaaaaacgcatattgaaacgagtacaaagaggtttcaaaggt
> > tatccgcaaatatctttagagtatttcgggaaaacgacagattttgctaccgaagtagtc
> > atcacttttgttcctgaagaaaacgctgaagcgcaaattcagagatttacgagtgataag
> > gatgttcgtgaagatgaagcaattcaatcggtattgttgaaaattattgagcgagccgac
> > gctgctacggttttagaaagccgagaagtatcagtttgttaa
> > >fig|674.13.peg.59
> > atgccagttgttggacaccttcaagtggtgacaaattgggatggtataccgatttgtatt
> > atagaaatgacgtctgtaaccaagcaaaaatacagcgaagtaacaccggagttcgcggct
> > ttagaaggtgagggtgacaagactttagcttggtggcgggaggcgcattggaacttcttc
> > tcaaaagagtgcgtagagttagaaatatcaccgtcggaagatatgttgctggttctagag
> > cagttcaaagtggtgtacaaataa
> >
> >
>
>  
>


[As partes desta mensagem que não continham texto foram removidas]