Re: [shell-script] usando shell em sequencias de DNA

[Julio C. Neves]

Olá Graciela, olá amigo Tiago,
Tiago, acho que entendi de forma diferente o pedido da Graciela. Na tua
resposta, vc pegou os 3 primeiros caracteres de todas as linhas. Acho que a
Graciele queria os 3 caracteres somente das linhas iniciadas por >.
Graciela, veja se é isso que vc quer:

sed 's/\>\(...\).*/\1/' /caminho/do/arquivo

Abraços,
Julio
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2010/3/14 Tiago Peczenyj <address@hidden>

> desculpe mas não esta claro para mim o formato do arquivo
>
> por acaso eh
>
> >XXX
> aagt...
> >YYY
> ggtaa..
>
> ou vc pode ter mais de uma linha entre uma sequencia e outra?
>
> eu começaria assim:
>
> cut -c 1-3 arquivo
>
> depois iria refinando :)
>
> On Sun, Mar 14, 2010 at 9:07 AM, Graciela <address@hidden> wrote:
>
> >
> >
> > Trabalho com bioinformática e queria tirar uma dúvida com vocês
> > Tou com essas sequências de DNA, cada '>' representa uma sequência
> > Quero verificar apenas as três primeira letras de cada sequência, por
> shel
> > script tem como?
> >
> > >fig|674.13.peg.56
> > gtgacgttaggtgacaatgttgttgttgcctcgggagccgttgtgacaaagagttttggt
> > agcaatgttgtcattggtggcaacccagcacgagtgttaaaagaaatcgagtaa
> > >fig|674.13.peg.57
> > atgtcaatatacccaactgcaccccaaggtgtgtcagttgatgccaatatgaaaatgata
> > aagcaaaagtttggccgcattgttggcccaactgatttctattggttttatgaacaggtt
> > agaaataaaggcccgtgggattataaacaaagtggcccgtttgaaaatttcggtaatttt
> > cattatggggcagttggttatgcaggtggcattccagaagaagttttgttaagagctgct
> > ggttgtgctcaaatgaaggcgggtacttcagctgatagctggggtagttgttggagcgat
> > caaccatttggagatgatccaaacgatcaacgttatatagcactaggtattgaatatgca
> > aaaagtaaaggctattag
> > >fig|674.13.peg.58
> > atgaacgtggataaagcgaaaaaacgcatattgaaacgagtacaaagaggtttcaaaggt
> > tatccgcaaatatctttagagtatttcgggaaaacgacagattttgctaccgaagtagtc
> > atcacttttgttcctgaagaaaacgctgaagcgcaaattcagagatttacgagtgataag
> > gatgttcgtgaagatgaagcaattcaatcggtattgttgaaaattattgagcgagccgac
> > gctgctacggttttagaaagccgagaagtatcagtttgttaa
> > >fig|674.13.peg.59
> > atgccagttgttggacaccttcaagtggtgacaaattgggatggtataccgatttgtatt
> > atagaaatgacgtctgtaaccaagcaaaaatacagcgaagtaacaccggagttcgcggct
> > ttagaaggtgagggtgacaagactttagcttggtggcgggaggcgcattggaacttcttc
> > tcaaaagagtgcgtagagttagaaatatcaccgtcggaagatatgttgctggttctagag
> > cagttcaaagtggtgtacaaataa
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> Tiago B. Peczenyj
> Linux User #405772
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> Esta lista não admite a abordagem de outras liguagens de programação, como
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